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5hmC或成为2型糖尿病血管并发症临床监控的重要(yào)标志物

source:TIME:2019-10-01 08:00:00分享到(dào):

2019年10月(yuè)1日,5-羟甲(jiǎ)基(jī)化(huà)胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研究领域取得(dé)重要进展。2型糖尿病(T2D)的(de)血管并发症是导(dǎo)致(zhì)2型(xíng)糖尿(niào)病(bìng)致残致死的重要病因(yīn),一直缺乏一种无创便(biàn)捷的(de)临床途(tú)径(jìng)实现血管并发症的(de)发生发展监测,达(dá)到早(zǎo)发现(xiàn)、早(zǎo)干预,以提高T2D病人(rén)的整体生(shēng)活(huó)质量,减少卫(wèi)生经(jīng)济负担(dān)。


该研究入组(zǔ)了62例2型糖(táng)尿病(bìng)病人,采(cǎi)用(yòng)5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表(biǎo)观遗传标志物5hmC的(de)分布情况进行检测,分析5hmC标志物与2型糖尿病血管并发症发(fā)生发展的(de)相关性。结果表明5hmC标志物的变化与T2D合并大血管/微血管事件具(jù)有(yǒu)相关性,主要涉及一些与血管(guǎn)生物学和(hé)糖尿(niào)病(包括胰岛素耐受和炎症反(fǎn)应)相关的基(jī)因和(hé)信号通路。该研究建(jiàn)立的(de)16个基因-5hmC标志(zhì)物(wù)组(zǔ)合检测可以准确(què)区分有并发症(zhèng)和无并发(fā)症的2型糖(táng)尿病病人[实验组(zǔ):AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统临(lín)床变量例如白蛋白尿(niào)。除此之外,还(hái)建立(lì)了13个基因-5hmC标志物(wù)组合检测(cè),可以进一步区分T2D合并单一并发症和(hé)多种并发症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其他(tā)传统临床变量。该研究得(dé)出结论,5hmC标志物(wù)反映了T2D病人大血管/微血(xuè)管(guǎn)并发(fā)症(zhèng)发生过程中的表观(guān)遗传变(biàn)化,因(yīn)而5hmC-Seal检测技术在监(jiān)测糖尿病血管并发(fā)症发生和进(jìn)展(zhǎn)方面具有良好(hǎo)的临(lín)床应(yīng)用前景。


试验设计



本研究(jiū)共纳入62例2型(xíng)糖尿(niào)病病人,包括没有血管并发症的病人(rén)12例,有(yǒu)单一血管并(bìng)发症的病(bìng)人34例(24例发生大血(xuè)管事件,10例(lì)发生微血管事件),以及有多种(zhǒng)血(xuè)管并发症的病人16例。试(shì)验收集62例病人血浆,提取(qǔ)cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外周血cfDNA中的5hmC序列,进行二代测序,通过生物(wù)信息学分析找出并发症组与无并发症组之间有(yǒu)显著5hmC修(xiū)饰差异的基因,单一并发(fā)症(zhèng)组和(hé)多种并发症组之(zhī)间有显著5hmC修饰差异的基(jī)因。随后利用(yòng)回归模(mó)型对差异基因进一步(bù)筛选、优化,弹性(xìng)网络(luò)进一步(bù)筛选,计算加权平均分,最后得(dé)到一组具(jù)有高度灵敏度和(hé)特异性的5hmC生物标记物,并进一步在实(shí)验组(zǔ)中验证,分析其灵敏度和(hé)特异性。并将新建(jiàn)立的5hmC标志(zhì)物基因组合(hé)的检测性能与传统临床变量(liàng)进行对(duì)比分析。最(zuì)后对相关基因进行了信号通(tōng)路分析和功能探究。



研究结(jié)果(guǒ)


5hmC修饰水平与血管并发症(zhèng)具有相关性


利用(yòng)逻辑(jí)回归模型对62例有并发症和无并发症2型糖尿病(bìng)病人(rén)的5hmC差异水(shuǐ)平进(jìn)行分析发现,有(yǒu)并发(fā)症2型糖尿病病(bìng)人的622个差异修饰候选基因(包括上调和下调(diào)基(jī)因)的归一(yī)化平均数要明显高于无(wú)并发症的(de)病人(P<0.001),但(dàn)是单一并发症和多(duō)发并发症(zhèng)病人之间没有显著差异。

之(zhī)后将(jiāng)有单一并发(fā)症或多种并发(fā)症(zhèng)的50例病人(rén)用逻辑(jí)回归模型进行了对比(bǐ),发现多种并发症的(de)病(bìng)人的153个差(chà)异修饰候选基因(包(bāo)括上调和下调基因)的归一(yī)化平均数要低(dī)于无并发症病人(P<0.001)。


5hmC标志物可区(qū)分有(yǒu)无并发(fā)症患者


62例2型糖(táng)尿(niào)病病人(rén)被(bèi)随机分成训练组(n=31)和(hé)测(cè)试组(n=31)。利(lì)用弹性(xìng)网络筛选后发现,16基因(yīn)-5hmC标志(zhì)物组合检测可以用(yòng)于区分有并发症和无并发症的2型糖尿病(bìng)病(bìng)人。


基于16基因组合模型 (Detection Model 1) 的(de)加(jiā)权平均分分析(xī),发现无并发(fā)症病人(rén)的分数在训练集(jí)和测试集中(zhōng)都明显低于有(yǒu)并发症的病人。只考虑加权平均(jun1)分的话,受试(shì)者(zhě)工作特征曲线(ROC)分(fèn)析表明将cutoff值设置成0.5时,在测试(shì)组中中的灵敏度(dù)为60%,特异性为100%。



5hmC标志物可区(qū)分病人是单(dān)一并(bìng)发症还(hái)是(shì)多种并发症


50例有并发症的2型(xíng)糖(táng)尿病(bìng)病(bìng)人被随机分成训练组(n=25)和测(cè)试(shì)组(n=25)。利用弹性网络筛选后发(fā)现,13基因-5hmC标(biāo)志物组合可以区分2型糖尿病(bìng)病人是否发生单一(yī)并(bìng)发症或(huò)多种并(bìng)发症。


基于13基因组合模型 (Detection Model 2), 我们计算了单一并发(fā)症(zhèng)和多种(zhǒng)并发症(zhèng)的加权平均分,发现在训练集(jí)和(hé)测(cè)试(shì)集中单一并发症和多种并发症病人的分数都有明显差异。值得一提的(de)是,有肾病并发症和无(wú)肾病并发症病人的分数也有明(míng)显差异。利用加权平均分作(zuò)为判(pàn)断标(biāo)准的受试者工作特(tè)征曲线(ROC)表明,在测试(shì)组中当将cutoff值设成(chéng)0.69时,灵(líng)敏度为87.5%,特异性为68.8%。



5hmC标志物(wù)与传统临床变量/危险(xiǎn)因子的对(duì)比


我(wǒ)们(men)评估了不同临床变量/危险因子用于监测血(xuè)管并发症(zhèng)的灵敏度和(hé)特异性(见表1)。

总体来说,结(jié)果表(biǎo)明一些临床(chuáng)变量(如尿(niào)液白蛋白(bái)、血清(qīng)ALT、AST、肌(jī)酐、GGT、脂蛋白a)虽(suī)然具有一定的灵敏度和特异性,但是整(zhěng)体准确度仍然差强人意,因此临(lín)床需要(yào)更加准确的方(fāng)法。另(lìng)外,我们还在(zài)训练组中建立5hmC和不同(tóng)临床(chuáng)变量的(de)多变量组合模型进行评估,该模型加权(quán)平均(jun1)分的(de)AUC要明显大于传(chuán)统临(lín)床(chuáng)变量的AUC。若(ruò)将(jiāng)这些临(lín)床变量(liàng)与加权平(píng)均(jun1)分进行(háng)结合,AUC也将进一步提高。因此,该多变量(liàng)模型表明加权(quán)平(píng)均分(fèn)可作为一个独(dú)立的指标用于监测2型糖尿(niào)病(bìng)血管并发症。

信号通路分析和功能(néng)探(tàn)究


有并发症和无并发症病人的135个差异候(hòu)选基因的功能注释(shì)分析表明(míng),这些基(jī)因主要(yào)富集在一些经典的信号通路。错误发现率相关P值位于前10%和基因数目≥3的信号通路包括(kuò)由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通路(lù)。由IGF1R和IL-10介导的信(xìn)号通路与胰(yí)岛素抵抗及炎(yán)症(zhèng)反应(yīng)相关,在血管(guǎn)生(shēng)物学和糖尿病发生发展过程中发(fā)挥(huī)重要作用。

Reactome相(xiàng)互作用网络(luò)的(de)中心表明,泛素编码基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛(fàn)素A-52亚基核糖体(tǐ)蛋白融(róng)合产物1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANPTBCC)的重要连接者(zhě)。在这135个差异候选基因中, 一些基因(yīn) (如(rú)TNFRSF25P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿(niào)病病程相关(guān)的倾(qīng)向,表明5hmC和糖尿病血管并发症之间可(kě)能存(cún)在时间依赖(lài)性的相互作用。基于(yú)纵(zòng)向时间(jiān)队(duì)列的大样本研究,将可(kě)进一(yī)步明确5hmC变化(huà)和糖尿病持续时间之间的动态关联。关于(yú)单一并发(fā)症和(hé)多种并发症病(bìng)人的159个候(hòu)选(xuǎn)标志基因的功能注释研究发现,存在细胞-细(xì)胞连接、胶原蛋白(bái)形成、新陈代谢、细(xì)胞应激应(yīng)答信号通路的(de)富集,这(zhè)些(xiē)信号通路(lù)均与细胞基本(běn)功(gōng)能密切相关。


研究(jiū)意义



血管并发症是三分(fèn)之二糖尿(niào)病病(bìng)人的死亡原(yuán)因,若能及早有效控制血管并发症(zhèng)的发生,将极大地改善糖尿(niào)病病人的生(shēng)存质量。该研究建立了一(yī)种利用cfDNA进行2型糖尿病血(xuè)管并(bìng)发症监(jiān)测的无(wú)创便捷方法,较目(mù)前临床标志物(wù)能更准确(què)地监(jiān)控血管并(bìng)发症的(de)发(fā)生,从而提示临床(chuáng)及早采(cǎi)取(qǔ)应对(duì)措施(shī),有效控制病情进展。



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